LargeTIFFTools

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Introduction

LargeTIFFTools est un ensemble de logiciels qui peuvent aider à traiter les (très) gros fichiers TIFF, en particulier ceux qui sont trop gros pour tenir entiers dans la mémoire de votre ordinateur. Il se compose des programmes suivants :

• tiffmakemosaic ouvre un fichier TIFF et en tire une mosaïque.
• tifffastcrop extrait une région rectangulaire d'une image TIFF sans ouvrir toute l'image en mémoire et la sauvegarde dans un fichier TIFF, JPEG ou PNG.
• tiffsplittiles copie les pavés d'un fichier TIFF pavé (tiled) dans des fichier indépendants (un par pavé).

Se procurer le logiciel

Ces logiciels sont open source, distribué selon les termes de la GNU General Public License v. 3.0. Ils utilisent notamment les bibliothèques libtiff et libjpeg ou libjpeg-turbo publiés gratuitement par leurs auteurs respectifs, que nous remercions.

Vous pouvez obtenir le logiciel par téléchargement (voyez les liens dans le cadre). Certaines versions précompilées sont disponibles. La version pour Windows 32 bits devrait fonctionner sous toutes les versions de Windows (XP, Vista, 7 ; 32 ou 64 bits) mais elle ne produit que des images qui nécessitent au plus environ 1 gigaoctet de méoire. La version 64 bits s'affranchit de cette limite.

Si vous installez les logiciels à partir du code source, vous aurez besoin que les bibliothèques suivantes soient installées : libtiff (nous recommandons une version >= 4.0.0) et libjpeg (et éventuellement d'autres bibliothèques que votre version de la libtiff utilise, par exemple zlib). Instructions sommaires pour l'installation à partir du code source : extraire avec tar xfj <file>, compiler et installer avec ./configure ; make ; make install.

Utilisation

Sous Windows, vous pouvez simplement faire glisser avec la souris un fichier TIFF (.tif) sur le fichier .exe ou l'icône du programme voulu. tiffmakemosaic.exe et tiffsplittiles.exe vont ouvrir le fichier et, si besoin est, le découper en de multiples fichiers TIFF (tout en laissant l'original intact). tiffmakemosaic-j.exe fait la mêee chose que tiffmakemosaic-j.exe, mais en stockant les images produites dans des fichies JPEG (l'option -j est codée en dur). Pour les options, veuillez consulter la documentation de chaque programme.

Sur toutes les plateformes (dont Windows, Linux, Mac OS X), vous pouvez aussi les utiliser en ligne de commande. Ouvrez un shell (par exemple l'invite de commandes, Terminal.app, xterm...) et lancez le programme en tapant son nom (précédé du chemin si nécessaire), une espace puis le chemin du fichier TIFF à traiter. Le(s) fichier(s) TIFF ou JPEG produit(s) seront placés dans le répertoire où se situe le fichier de départ.

Un usage typique est pour les images de lames en microscopie ou en anatomopathologie, comme celles que les NDPITools produisent.

Performances

En principe, découper des morceaux d'un grand fichier TIFF peut aussi être fait avec plusieurs autres outils, comme tiffcrop qui vient avec la libtiff, ImageMagick et GraphicsMagick (il faut tout de même commencer par calculer et donner explicitement les dimensions et positions des morceaux). Cependant, la plupart des logiciels commencent par ouvrir et décompacter l'image entière soit en mémoire, soit dans un énorme fichier temporaire sur le disque, ce qui les rend très lents, ou même souvent incapables d'accomplir le travail par manque de mémoire.

Au contraire, tiffmakemosaic et tiffsplittiles évitent d'ouvrir l'image tout entière, ce qui améliore la vitesse et garantit que le processus ira à son terme même sur les ordinateurs à la mémoire modeste. Par exemple, pour fabriquer une mosaïque de 64 fichiers JPEG qui nécessiteront moins de 512 Mib de mémoire pour être ouverts, à partir d'une image RVB de 103168x63232 pixels, sur un ordinateur avec 16 Gib de RAM et un processeur i5, tiffmakemosaic prend 2.5 minutes alors que GraphicsMagick prend 70 minutes.

Liste non exhaustive d'améliorations

• Release 1.3.6: tifffastcrop is now able to deal with many bit-depths (e.g. RGB with alpha channel, or 1 bit-per-pixel black and white images, or 4 bits-per-pixel grayscale images...) and to write PNG files in addition to TIFF and JPEG files. Now, it tries to guess the output file format from the output filename, if any.
• Release 1.3.7: the software is able to build even with version 1.2 of the libpng library.
• Release 1.3.8: improved exit codes especially when input files are corrupted; fixed a regression preventing cross-compilation for Windows; fixed syntax errors in manpages.
• Release 1.3.9: tifffastcrop now supports Fax-like compression; corrected a bug in tiffmakemosaic in the case of lossless compression and non-zero overlap.
• Release 1.3.10: further support by tifffastcrop and tiffmakemosaic of Fax-like compression.
• Release 1.4: add optional padding to large image before making mosaic in tiffmakemosaic; new options to handle TIFF files with multiple directories in tifffastcrop; support of WebP and Zstd compression by both programs.
• Release 1.4.1: in tifffastcrop, fixed regression which prevented to write JPEG files and fixed support of images with 2 or 4 bits per sample.
• Release 1.4.2: in tiffmakemosaic, added security for the illegal case of zero-width or zero-length input image; modernised code style.

Remerciements

Ces logiciels ont été développés par l'équipe de modélisation du laboratoire IJCLab (anciennement IMNC) près de Paris, dans le cadre d'un projet de recherche financé par les Instituts IN2P3 et INSB du CNRS et par Université de Paris (anciennement l'université Paris Diderot-Paris 7) et l'université Paris-Saclay (anciennement université Paris Sud-11).

Contact : Christophe Deroulers

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